Le pavillon Duff de médecine, originalement l’édifice de l’Institut de pathologie, est érigé en 1923, à l’extérieur du campus, à l’intersection de la rue University et de l’avenue des Pins, grâce à une subvention de la Fondation J. D. Rockefeller. Il est construit à l’angle d’un vaste terrain, autrefois la propriété des financiers Law et Molson, et acheté par sir William Macdonald dans les années 1910 qui l’offre ensuite à l’Université McGill. Macdonald est l’un des plus importants mécènes de l’université, ayant auparavant financé la construction de plusieurs pavillons universitaires, notamment pour les domaines des sciences (les pavillons Macdonald de chimie, de physique et de génie).
Le pavillon Duff est l’œuvre de l’architecte Percy Nobbs, alors professeur à l’École d’architecture à McGill, en collaboration avec George Taylor Hyde. L’édifice est conçu de manière à s’intégrer à son environnement immédiat. La façade sur l’avenue des Pins conserve une allure résidentielle, tandis que l’aile sur la rue University, avec l’hôpital Royal Victoria en vis-à-vis, affiche un aspect plus monumental. Ce pavillon est le deuxième implanté dans le parc Macdonald, après le stade Percival-Molson, également financé par Macdonald et érigé en 1920.
Avec l’expansion du campus au cours des années 1960 et l’augmentation de la population étudiante, un nouvel édifice de facture moderne est construit au nord-est du pavillon Duff et nommé pavillon Lyman Duff. Les intérieurs sont transformés en 1971 par la même firme d’architectes, en vue d’accueillir le laboratoire de maladies respiratoires Meaking-Christie qui à son tour déménagera pendant les années 1980.